Das Pastorale Forum wurde 1989, als er Eiserne Vorhang zerriss, von Paul M. Zulehner gegründet, der seitdem auch Obmann des Vereines ist. Kardinal Franz König hatte von Anfang an bis zu seinem Tod den Ehrenschutz über das Pastorale Forum inne.

Entstanden war die Idee zur Vereinsgründung aus vielfältigen Begegnungen zwischen Vertreterinnen und Vertretern der Kirchen im Kontext des real existierenden  Sozialismus und Studierenden am Institut für Pastoraltheologie an der katholisch-theologischen Fakultät der Universität Wien. Diese Erfahrungen führten nach dem Wunder der Wende zum Entschluß, die geknüpften Kontakte aufzugreifen und in einer neuen Art zu pflegen.